一般正相键合相的稳定性要低于反相键合相，反相键合硅胶的稳定性与运用活动相的pH值相关，一般水溶液的pH应保持在2-8之间，pH8.5会引起基体硅胶的溶解。为处理这一问题，多个品牌色谱柱供货商专门开发了能在高pH条件下运用的硅胶色谱柱，这种硅胶基质大都以杂化为主，机械强度要远高于一般硅胶，功能优越，耐酸、耐碱、耐高温。
硅胶中的残留硅醇基会对色谱别离发生不良影响，经常会形成峰型差、拖尾，各个品牌商也是八仙过海各显神通，对硅羟基进行各种润饰，衍生出系列的柱子，这种柱子稳定性要优于一般的柱子，运用作用更好。
剖析办法开发时，色谱柱很重要的一个功能，便是色谱别离行为的重现性，包含方针峰的保存时刻、理论塔板数、半峰宽等；商业化的色谱柱更重视这一点，色谱柱重现性是否优异，直接影响到色谱柱运用者对色谱柱的点评，当然也有不靠谱的供货商，本人在运用某品牌柱子时，相同批次间色谱柱重现性较好，不同批次间的色谱柱会有多多少少的差异，比方保存时刻、柱效等。
柱子的选择性因为许多原因显得很重要，不同品牌柱子石英砂的取样地址不同，导致硅胶基质不一致，加上后续色谱柱填料工艺的差异（含碳量不同），即便相同类型的色谱柱，在相同的色谱条件下，对某些物质的保存及功能也会有一些不同，例如咱们在进行一原料药办法开发时，经过替换两款不同牌子的ODS（十八烷基键合硅胶）色谱柱进行耐用性调查，呈现开始物料与中间体出峰次序不一致的状况，跟供货商交流后，确认这两款柱子都是最一般的ODS色谱柱（硅羟基与C18烷基链键合，硅胶未进行任何润饰），出峰次序原因只能归结到砂子或含碳量不同。
办法树立期间有必要改组柱子来进步选择性和添加别离度，为实践查验测验柱子的运用供给数据支撑。
运用键合相色谱柱时，因为很多极性或非极性样品的接连注入，会引起固定相对样品的吸附、缔合等不良效应，使柱别离功能变差，引起峰形加宽或拖尾等现象，此刻应及时对色谱柱进行再生处理。对正相键合柱可用1：1甲醇氯仿活动相来进行再生，对反相键合柱可用甲醇活动相再生，若作用欠好，可运用丙酮、二甲基甲酰胺或约0.01mol/L无机酸水溶液进行再生。
总归要做好办法开发，对色谱柱的保护必不可少，会延伸色谱柱的惯例运用的寿数下降运转本钱。
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